Am 13. März 1508 erlangte die Kirchgemeinde ihre Selbständigkeit von Neunkirch. Das Domkapitel Konstanz trat mit den folgenden Worten auf das Gesuch der Hallauer ein: "dem allmächtigen Gott, der reinsten Jungfrauen Maria, St. Mauritzen und siner Gesellschaft und allen himmlischen Innwohnern zu Lob und Ehr, allen christgläubigen Menschen und Seelen zu Hilf und Trost insonders den obengenannten Unterthanen zu Ober- und Niderhallow und ihren Nachkommen zu heil und gut, damit sie berührter ihrer Beschwerden entladen und den göttlichen Diensten destminder verhindert und versäumt, sondern hieran zu Heil ihr Seelen und andern Gottesdiensten destmehr gefördert werden" (zitiert aus: R. Pfund, in: Die Geschichte der Hallauer Dorfkirche St. Moritz und deren Umbau, S. 4)
Im Jahr 1525, vier Jahre vor Schaffhausen, führte Hallau durch das Wirken des aus Zürich vertriebenen täuferischen Predigers Johann Brötli (etwas später kam Wilhelm Reublin dazu) die Reformation ein. Erst durch die Vertreibung Brötlis und die Einsetzung von Christian Kranz als neuem Pfarrer wurde die Gemeinde in die Bahn der zwinglischen Reformation gelenkt.
Aktuell hat die evangelisch-reformierte Kirchgemeinde gut über 1'000 Mitglieder. Dorfkirche und Bergkirche werden für Gottesdienste genutzt. Das Pfarrhaus wurde 1809 gebaut.